以前にPHP 5.4系にアップデートしようと試みましたが、運用中のPukiWiki (1.4.7 UTF-8版)が対応せず断念したことがありました。

該当記事：　サーバー保守　・ PHP5.3へ結局後戻り

しかしながら、remiリポジトリも5.4系に移行したこともあり、重い腰を上げていざアップデートへ。
あと、eAcceleratorがエラーで入らなかったのでAPCをインストール。（⇒ 仮メモ: CentOS5でRemiのPHP5.4にupdateするとエラー）

さて、PukiWikiの修正に入りましょう。

まずは、hex2bin関数がPHPの組み込み関数と競合する問題（PukiWiki-Dev: BugTrack2/349）の修正。
PHP5.3に戻すこともないのでhex2bin関数をコメントアウトします。

/*
// Inversion of bin2hex()
function hex2bin($hex_string)
{
	// preg_match : Avoid warning : pack(): Type H: illegal hex digit ...
	// (string)   : Always treat as string (not int etc). See BugTrack2/31
	return preg_match('/^[0-9a-f]+$/i', $hex_string) ?
		pack('H*', (string)$hex_string) : $hex_string;
}
*/

加えて、コール時の参照渡し(Call-time pass-by-reference)が廃止されているために動かないプラグインがいくつか。
BugTrackの方にはls2とpcommentが挙がっていますが、前回試みた際に発生したMenuバーが表示されない問題はonlineプラグインにありました。

// array_walk($args, 'plugin_ls2_check_arg', & $params);
array_walk($args, 'plugin_ls2_check_arg', $params);

// array_walk($args, 'plugin_pcomment_check_arg', & $params);
array_walk($args, 'plugin_pcomment_check_arg', $params);

// if (plugin_online_check_online(& $count, $host)) {
if (plugin_online_check_online($count, $host)) {

これでたぶんFatal errorは解決するので、ほぼ問題なく動くと思います。
（EUC-JP版PukiWikiの場合、厄介なhtmlspecialcharsの非互換問題の対応が必要です。）

あとはslashdot:martianの日記： PHP5.4 と PukiWikiを(2)(3)とかを。
参照渡し周りとか箇所が多いのでコードは省略。
また、設定してなければタイムゾーンを設定。

date.timezone = "Asia/Tokyo"

やっぱエラー直したい！という方はこちらnowsky様「PukiWiki/error」のWikiが詳しいです。

こんな感じで一応動いています。触っているうちに何かエラーが発生するかもしれません。
PukiWikiでもCVS版であれば、hex2binの修正だけでどうやら動くようです。
しかしながら、本家PukiWikiはほぼ開発停止のようなものですからね・・・
CVS版を取り込んでいるPukiWiki Plus!で運用してみたサイトもあるのですが、なかなか良い感じです。
更にこれを発展させPHP5.4対応のPukiWiki Advanceというのもあり、かなり改変が加えられていて前衛的な機能が実装されています。
機会があれば試してみようと思います。